在PSP《玛娜传奇 学园的炼金术士们》中，玩家将扮演一名拥有独特力量的“勇者”，来到了一所名为“麦格纳斯特学园”的神秘魔法学院，与各路神秘人物展开炼金术战斗，究竟会经历怎样的冒险与挑战呢？
带领着勇者的朋友们，在他的导引下，我们来到了麦格纳斯特学园的大门，迎接我们的就是华丽的建筑、优雅的水池、还有那些身着各式各样奇装异服的同学们。在学园的旅途中，勇者需要学会利用炼金术和同伴的战斗配合，才能与强大的敌人对战并取得胜利！
一路前行，勇者终于来到了学园的“曼特鲁寺庙”，在那里查看了有关学园巨魔的情报之后，勇者开始了一场与学园巨魔的夺旗战！正是在这场战斗中，勇者摒弃了那些过于平凡的招数，找到了自己独特的战斗方式，最终凭借着自己的实力获得了巨魔之旗！
当勇者们正享受着巨魔夺旗胜利的欢呼声之时，学园的魔法神殿却发生了可怕的炼金术劫持事件！同伴们相继遭到了神秘劫持者的袭击，勇者们勇往直前，追踪凶手，终于在一场紧急战斗之中，找到了被绑架的神秘角色并成功解救！
终于，勇者们在曼特鲁寺庙前的沼泽一带发现了跟踪敌人的线索。在追捕及格了一名持有学园机密的人物之后，勇者们意外地发现了学园的不为人知的秘密。而后，故事的真相就会在信任与狙击之间，继续逐渐揭晓……
在PSP《玛娜传奇 学园的炼金术士们》中，勇者们在学园的旅途中，成长了不少，也遇到了不少的让人惊叹的炼金术与冒险。而正是在游戏的结尾，我们可以看到勇者们在探寻学园的神秘真相之中，更深地认识了自己的使命与责任，并为之无悔前行。
